Hallo macrusch,
wieso reparierst du denn dein Windows, wenn du es neuinstallieren willst?
Das die Setup CD deine aktuelle Windows-Installation findet ist vollkommen normal allerdings musst du dann auf ESC drücken um die Festplatte zu formatieren und nicht auf R um die aktuelle Installation zu reparieren.

Bevor du natürlich irgendwelche Festplatten formatierst, solltest du deine Daten sichern!
Zu dem wäre es noch von Vorteil wenn deine Setup CD schon das SP3 integriert hat.